在许多温室生产过程中，土壤被薄膜覆盖，得不到阳光和雨水。由于植物结构单一，容易造成土壤养分失衡，影响植物的产量和质量，这是目前温室种植面临和需要解决的问题。利用土壤养分测试仪可以对温室土壤养分进行分析。研究发现，在相同施肥量下，温室生产的表土含盐量是露地生产的4倍。由于温室生产中施用的肥料不会因雨水淋溶而流失，所以除了很少一部分被当季作物吸收外，所有未使用的养分都留在土壤中。
因此，在相同施肥量的条件下，土壤溶液的浓度远远高于露地栽培，由于毛细作用，土壤水分向上移动，导致表土中盐分浓度升高，导致温室产生的土壤盐碱化。蔬菜等园艺作物种植在含盐量高的土壤中时，由于土壤溶液渗透压高，作物根系难以吸收土壤水分和养分，影响作物的正常生长，严重的话，秧苗会烧死。通过对土壤肥料养分的检测和分析，还发现温室产生的土壤酸度逐渐增加。特别是连续多年进行的温室生产，土壤中残留的氮素在微生物的作用下以硝酸的形式积累。实践表明，经过多年连续施用硫酸肥、氯化肥等生理酸性肥料，土壤酸化迅速，PH值明显下降，对蔬菜等园艺作物的栽培构成土壤障碍。温室种植有机肥是纤维素含量高，即碳氮比高的合适有机肥，实行基肥深施和限量追肥。
当化肥用作基肥时，应进行深施。将化肥和有机肥混合施于地表，然后进行翻耕，使大部分肥料施于表土以下，避免表土含盐量过度增加。追肥一般难以深施，应严格控制用量，增加追肥次数，以满足蔬菜的营养需求。此外，配合土壤养分测试仪的测定进行施肥。
